Batizada originalmente de Rurouni Kenshin, Samurai X, é ambientada nos primeiros anos da Era Meiji no Japão. Durante 10 anos, Kenshin vagou pelo Japão até encontrar abrigo no Dojo Kamiya, onde a jovem Kaoru Kamiya lecionava kendo no estilo Kamiya Kashin (Espada para a Vida). A errante caminhada do jovem ronin tinha um propósito: visualizar as inúmeras mortes que causara durante o Bakumatsu quando era um hitokiri (assassino retalhador) a serviço da Ishin Shishi (monarquistas que desejavam a restauração do governo para as mãos do imperador) do feudo de Choushuu. Nessa época, Kenshin ficou conhecido como "Hitokiri Battousai" ou "o battousai retalhador" por sua grande habilidade com o Battoujutsu, técnica que em um movimento contínuo, saca a espada e realiza o corte. Mesmo com a vitória dos monarquistas que culminou na derrubada do Xogunato Tokugawa, dando origem à Era Meiji, Kenshin, arrependido pelas inúmeras vidas que tirou, decide nunca mais matar. Mesmo terminando sua longa jornada, o ex-hitokiri terá de brandir novamente sua sakabatou (espada em que a lâmina é invertida) para enfrentar novos e velhos inimigos. Na sua fase de retalhador, kenshin matou um homem que iria se casar, depois de tê-lo feito, Kenshin conheceu a mulher daquele homem, mulher pela qual Kenshin se apaixonou... Descobrindo posteriormente que ela era uma espiã, Kenshin foi atrás dela, e em meio a uma luta com um inimigo acaba matando-a sem querer, após isso, Kenshin prometeu nunca mais matar.
Kenshin Himura, um ex-assassino do lado revolucionário dos monarquistas que colocaram o imperador de volta no poder, passa por um longo processo de aprendizado do conceito de herói escolhido pelo autor, Nobuhiro Watsuki. O estilo de kenjutsu (Arte com a espada) ao qual pertence tem com lema “proteger os inocentes dos infortúnios causados pelo tempo presente” e a divergência na interpretação deste lema o leva a se separar de seu mestre para se juntar ao exército revolucionário.
Depois de desistir, desiludido com tanto sangue em suas mãos, Kenshin passa a viver como um andarilho que busca se livrar da fama de retalhador, protegendo inocentes com uma espada de lâmina invertida e uma promessa de não mais matar.
Forçado a lutar novamente para impedir que outro assassino daquele exército comece uma nova guerra, Kenshin volta humildemente ao esconderijo de seu mestre para lhe pedir que termine seu treinamento. Ele somente é aceito quando seu mestre percebe que em suas andanças Kenshin finalmente entendeu o preceito do estilo Hiten Mitsurugi: que para proteger os inocentes, sua espada não deve estar atrelada a nenhuma causa política e ela deve defender justamente os inocentes que sofrem nos processos de transição da história.
O que Seijuro Hiko (mestre de Kenshin) lhe ensina em seguida é ainda mais interessante: que para vencer, Kenshin não deve se tornar um santo ou vender sua alma ao demônio. Nenhuma causa vale o preço de uma vida humana e se ao menos uma pessoa se magoar com a sua morte, a vitória pode ter sido em vão. Entre dois adversários igualmente fortes dispostos a tudo por suas causas, apenas a vontade de viver garante a força necessária para a vitória.
